Els testimonis més antics de poblament a Sant Jordi Desvalls corresponen a les restes d’un antic camí empedrat, prop de Sobrànigues, que han estat identificades com la via romana que comunicava Empúries i Girona. Ben a prop, a la zona coneguda amb el nom del Ginestar, s’hi ha trobat diversos materials d’època romana que ens podrien indicar en aquest punt l’existència d’una vila romana.
Llevat d’aquestes dades, no es té cap notícia històrica de Sant Jordi Desvalls fins a l’any 1136, en què un document esmenta l’església de Sant Jordi. Podríem dir que ja als primers segles de l’edat mitjana una bona part del terme ja devia estar poblada i, molt especialment el nucli, que l’any 1198 rep el nom de “cellera i vila”.
Al segle XII Sant Jordi Desvalls pertanyia al comtat d’Empúries. Quasi dos segles més tard, fou precisament el comte d’Empúries qui, l’any 1316, va vendre al bisbe i al Capítol de la Catedral de Girona el dret de percebre l’impost del bovatge en els llocs de Diana, Sobrànigues i Sant Jordi Desvalls.
L’any 1424 el rei Alfons el Magnànim va vendre per 3.000 florins els dominis feudals que tenia sobre el poble a Andreu de Biure que feu edificar un castell al centre de la població. A mitjans del segle XVI, amb poc més de 200 habitants, Sant Jordi Desvalls era un petit poblet dominat pel castell i l’església a la part alta i encerclat per una muralla.
L’any 1642 el Capítol de la Catedral va comprar la baronia i la jurisdicció del castell, lloc i terme de Sant Jordi, i la inutilització de la fortalesa va empènyer a formular una petició d’enderroc el 1655, que fou acceptada. En aquests anys Sant Jordi Fou víctima de la pesta.
L’inici del segle XVIII fou especialment conflictiu a causa sobretot dels drets sobre els terrenys de vora del Ter. El 1702, els habitants de la vila decidiren sindicar-se per defensar els seus interessos sobre aquests terrenys, i això provocà una sèrie d’enfrontaments amb el Capítol que s’acabaren amb persecucions i empresonaments. La tensió va acabar desembocant amb una revolta contra el batlle que provocà un mort i diversos ferits, entre els quals hi havia el batlle.
Durant la Tercera Guerra Carlina (1872-1875), la vila sofrí diversos atacs, i es demanà ajut als Voluntaris de la República de Girona per a la seva defensa. Al cap de pocs anys arribà la fil·loxera, que arrasà quasi totes les vinyes i provocà una crisi agrícola que fou molt difícil de superar.
El tret més destacable de Sant Jordi de primeries de segle XX eren les seves escoles: n’hi havia dues de públiques i dues de privades. Part d’aquest ensenyament per a infants quedà unificat l’any 1934 amb la inauguració de les noves escoles públiques una notable construcció que barreja estils arquitectònics noucentista i racionalista.
El febrer de 1939 els nacionals ocuparen Sant Jordi, tot i que els republicans, en la seva retirada havien volat el pont del ferrocarril de Sobrànigues per dificultar-los l’avenç. Comença així la llarga etapa franquista.
L’any 1979 s’escollí el primer ajuntament democràtic, amb el triomf de l’Agrupació d’Electors Independent, i el senyor Lluís Pairet Ferrer va ser alcalde fins a l’any 1987.